居住者が、認定長期優良住宅の新築又は建築後使用されたことのない認定長期優良住宅の取得(以下新築等という)をして、長期優良住宅の普及の促進に関する法律の施行の日(平成 21年6月4日)から平成 23年 12 月 31 日までの間に、その家屋をその者の居住の用に供した場合（その新築の日又はその取得の日から６ヶ月以内にその者の居住の用に供した場合に限る）には、一定の要件の下で、その認定長期優良住宅について講じられた構造及び設備に係る「標準的な費用の額」 （1,000 万円を限度とする）の10％に相当する金額がその年分の所得税の額から控除される。 
また、その年分の所得税の額から控除しても控除しきれない金額については、翌年分の所得税の額から控除される。

認定長期優良住宅について講じられた構造及び設備に係る「標準的な費用の額」とは、認定長期優良住宅の構造の区分ごとに、平米当たりで定められた金額(次表参照)に、その認定長期優良住宅の床面積を乗じて計算した金額をいう(平成21年国土交通省告示第385号)。